Im Jahre 1546 wurde die Vorgängerin unserer Orgel zerstört. Joachim Pentz mit seinem Kriegsvolk hat auch sie auf dem Gewissen. Wahrscheinlich wurde im Jahre 1583 eine neue erbaut. Sie hatte sechs Register. Später ist sie mehrfach umgebaut und vergrößert worden, z.B. 1730 durch den Hamburger Kaufmann Cord Lühmann. In Ihren besten Zeiten ist sie der Barockorgel von St. Cosmae in Stade ähnlich gewesen.
1856 wurde die Orgel durch den Orgelbauer Altendorf umgebaut und durch einige Register ergänzt. Doch der Zahn der Zeit nagte weiter an dem Instrument. Zwei Restaurierungen 1956 und 1972 brachten keinen dauerhaften Erfolg.